Мерцание возникает, когда цвет точки меняется два раза подряд. Например, правильнее объект при его перемещении стирать и затем рисовать на новом месте не на экране, а в памяти, и выводить на форму уже готовое изображение поверх предыдущего. В таком случае смена цветов на экране происходит только один раз.

var
bm: TBitMap;

procedure TForm1.FormCreate(Sender: TObject);
begin
bm := TBitMap.Create;
bm.Width := Form1.ClientWidth;
bm.Height := Form1.ClientHeight;
with bm.Canvas do
begin
Font.name := ‘Arial’;
Font.Size := 50;
Font.Color := clBlue;
end;
Timer1.Interval := 100;
end;

procedure TForm1.Timer1Timer(Sender: TObject);
var
s: string;
Hour, Min, Sec, MSec: Word;
begin
DecodeTime(Time, Hour, Min, Sec, MSec);
with bm.Canvas do
begin
Brush.Style := bsSolid;
Brush.Color := clWhite;
FillRect(ClipRect);
s := TimeToStr(Time);
TextOut((bm.Width - TextWidth(s)) div 2,
(bm.Height - TextHeight(s)) div 2, s);
Pen.Mode := pmMask;
Pen.Width := 20;
Pen.Color := clLime;
Brush.Style := bsClear;
Rectangle(bm.Width div 2 - (MSec * bm.Width) div 5000,
bm.Height div 2 - (MSec * bm.Height) div 5000,
bm.Width div 2 + (MSec * bm.Width) div 5000,
bm.Height div 2 + (MSec * bm.Height) div 5000);
end;
Form1.Canvas.Draw(0, 0, bm);
end;